Les commissions fédérales sont mises en place par le conseil d’administration fédéral. Chacune de ces commissions est copilotée par un membre du CA. Elles sont constituées de bénévoles souhaitant apporter leurs compétences sur un sujet particulier concernant la vie de la Fédération. Il existe à ce jour 34 commissions qui sont chargées d'élaborer les orientations de la Fédération de demain.